Port helski-zbudowany został w latach 1882 -1883 przez rząd pruski stworzono tym samym bodziec do dalszego rozwijania rybołówstwa pełnomorskiego. Zakupiono w Szwecji (w 1890 roku) dwa pokładowe pełnomorskie kutry żaglowe i 70 pławnic łososiowych. Zapoczątkowano na szerszą skale zimowe połowy śledzi sieciami stawnymi oraz połowy haczykowe czyli tzw. taklami. Te ostatnie można było zastosować również na skutek wprowadzenia na morze wody kutrów żaglowych tym razem typu duńskiego.

Port helski miał drewniane nabrzeża z dwiema palisadami; zachodnią i południową, osadzonymi na blokach kamiennych i kesonach cementowych. Ów port posiada szczególne warunki naturalne- osłonięty barierą Mierzei Helskiej i stosunkowo mało zapiaszczony położony jest dogodnie w stosunku do Bałtyku , natomiast daleko od połączeń lądowych .Morze zamarza tu rzadko, co stwarza możliwości długiego okresu połowów. Port spełniał i spełnia funkcję rybacką i pasażerską jest także schronieniem dla jednostek krajowych i zagranicznych.

W okresie międzywojennym został przebudowany i zmodernizowany. Prace w tym zakresie prowadzono dwukrotnie w latach 1924-1925 i 1930-1933. Zmieniono wówczas zachodnią palisadę drewnianą na falochron zachodni i molo zachodnie o konstrukcji żelazobetonowej. W lutym 1920r. z chwilą objęcia przez administrację polską wybrzeża ,port rybacki w helu stał się (do roku 1934) Jednym bezpiecznym schronieniem dla statków na całym wybrzeżu. W 1921 r. w Helu 120 rybaków indywidualnych ,którzy mieli 42 kutry motorowe, 1 łódz i 175 łodzi wiosłowo - żaglowych.
Stacjonowało tu prawie 70% wszystkich kutrów polskiej floty rybackiej.

W 1935 r. w Helu było już 56 kutrów molowych. W okresie września 1939r. polskie kutry rybackie zostały zmobilizowane i przewiozły m.in. na Hel paliwo płynne z barki- tankowca zatopionej specjalnie na płytkiej wodzie w Zatoce Puckiej. W końcowym okresie wojny władze wojskowe (niemieckie) używały kutrów z Helu do ewakuacji wojska i ludności. W efekcie w momencie wyzwolenia miasta pozostał zaledwie 1 kuter. Zdewastowany port przystosowano w czerwcu 1945 roku do potrzeb żeglugowych ale oczyszczanie go z min ,amunicji i zatopionego sprzętu trwało jeszcze do1946 r.

Po wojnie system organizacji rybołówstwa zmienił się i trzeba było przystosować port helski do przebywania w nim większych jednostek łowczych użytkowych przez rybołówstwo uspołecznione. W latach 1946-1949 pogłębiono więc port od 2,5 do 5 metrów, a w latach 1949-54 wybudowano: wydłużenie falochronu zachodniego od rozwidlenia z palisady drewnianej na żelazobetonowe molo południowe(krótkie) na palach drewnianych, następnie kesony o nawierzchni brukowanej; molo wyładunkowe na palach drewnianych ze ścianką piaskoszczelną ,falochron południowy na palach drewnianych i także-kesony o nawierzchni brukowanej. Ponadto bunkrownię Centrali Produktów Naturalnych, drogi w obrębie portu, bocznicę kolejową, sieć kanalizacyjną i wodociągową oraz ogrodzenie portowe. W latach 1955-1960 prowadzono nadal poważne inwestycje. Przede wszystkim ukończono budowę falochronu południowego wraz z pomieszczeniem punktu odpraw granicznych i przeprowadzono modernizację oświetlenia elektrycznego portu. Kolejne inwestycje i zmiany nastąpiły w latach 1961-19666. M.in. wybudowano molo wyładunkowe w awanporcie żelazobetonowe ze ścianką piaskoszczelną i pogłębiono awanport do 5m oraz port wewnętrzny do 4 metrów.

Port Hel od wyzwolenia do roku 1963 był w gestii Gdańskiego Urzędu Morskiego, a od 1964r. przeszedł pod administrację Przedsiębiorstwa Połowów i Usług Rybackich "Koga"

W roku 1954 na terenach portowych wzniesiona została duża hala przeładunkowa obejmująca również przetwórstwo wstępne ryb, sieciarnię, szatnie i łazienki dla pracowników administracji. W tym roku wybudowano także nowy obiekt w postaci fabryki lodu o wydajności 22,5 ton lodu na dobę oraz stację pomp , urządzenia hydrotechniczne kotłownię i prowizoryczne warsztaty kutrowe z wyciągiem (slipem) dla kutrów 17- metrowych. W latach 1961-1967 wzniesiono magazyn główny ,wartownię podstacje elektryczną , 4 budynki mieszkalne dla rodzin, ,wiatę na opakowanie łącznie z myjnią opakowań oraz Dom Rybaka czyli hotel 124 osoby. W tym czasie powstała fabryka lodu łuskowego, dla której potrzeb zainstalowano trzy kruszarki lodu.

W roku 2000 rozpoczął się remont nabrzeży portowych oraz budowa wewnętrznego pirsu jachtowego ,który ma zapewniać spokojny postój żaglówkom cumującym w Helu.